皖南医学院新校区占地565亩，呈长方形，设计规模为在校学生6000人，总建筑面积27万平方米，校园设计充分利用其西侧临芦花塘水系等地貌特点，将校园东面以“田”字形道路框架分成几个区域，临水一侧打造成一条景观带，学生宿舍、公寓临水而建，大学生活动中心布置其间，使其成为生活区，并通过一条“S”形道路将其首尾相连，与园内其它道路成环，让各功能区紧密相连。校园沿中轴线设一通道，在其两端南北两个入口处分设两个广场，教学管理信息中心区和体育活动区分南北两块沿中轴线对称布局，4幢实验楼群组成的实验实习区和后勤办公楼分南北位于校园东侧。在校园东北角划出60亩地，以社会融资形式筹建临床教学医院，规划建筑面积6万平方米。

工程计划总投资3亿元，总体规划，分期实施，2004年6月18日开工建设，计划2006年底前全部建成。目前，西教学楼、食堂及附属设施主体工程已经封顶，学生宿舍、实验楼桩基工程已经结束，道路基础完成，正在抓紧建设；同时在建项目还包括实验楼、购物广场、田径运动场等，累计完成投资3800万元。2005年计划投资12000万元继续完成在建项目，确保9月份3000名学生入住，并开工建设东教学楼、风雨操场、大学生活动中心、图书信息及行政综合楼等工程。